Αντίσταση κατά τη διάρκεια της γερμανικής Κατοχής (1942-1944)
Από τον Μάρτιο του 1942 μέχρι το τέλος της Κατοχής τον Οκτώβριο του 1944, ο Βασίλης Φίλιας συμμετείχε σε περισσότερες από είκοσι μαζικές διαδηλώσεις και συγκεντρώσεις φοιτητών, μαθητών, εργατών και υπαλλήλων κατά των κατακτητών στην Ομόνοια, το Μεταξουργείο, το Σύνταγμα, το Κολωνάκι και άλλες περιοχές της Αθήνας.
Συμμετείχε σε δράσεις των φοιτητικών ομάδων αντίστασης, οι οποίες περιλάμβαναν συνθήματα σε τοίχους τη νύχτα, παραγωγή και διανομή φυλλαδίων και διάφορες μορφές σαμποτάζ.
Λόγω ιδεολογικών διαφορών, αποχώρησε από την «Ιερή Ταξιαρχία» που ίδρυσε ο Παναγιώτης Κανελλόπουλος το 1945 και έγινε συνιδρυτής της Πανελλήνιας Οργάνωσης Δημοκρατικής Νεολαίας (ΠΟΔΝ). Κατά τη διάρκεια του ελληνικού εμφυλίου πολέμου (1946-1949), το εκδοτικό όργανο της οργάνωσής του, ο «Μαχητής», συνέβαλε στη μείωση του χάσματος μεταξύ των αντιμαχόμενων δυνάμεων στην Ελλάδα.
O Όμιλος Παπαναστασίου
Μετά τον Εμφύλιο Πόλεμο, ο Βασίλης Φίλιας υπηρέτησε στον ελληνικό στρατό ως έφεδρος ανθυπολοχαγός στις Δυνάμεις Καταδρομών από το 1949 έως το 1953.
Αφού ολοκλήρωσε τις σπουδές του στο εξωτερικό, ίδρυσε το 1964 τον «Όμιλο Παπαναστασίου» μαζί με άλλους επιστήμονες, μεταξύ των οποίων οι Σάκης Καράγιωργας, Νίκος Πουλαντζάς, Κώστας Σημίτης, Γεράσιμος Νοταράς, Κώστας Σοφούλης και Κώστας Νικολάου, του οποίου ήταν πρόεδρος μέχρι το 1967. Μεταξύ των κεντρικών σημείων των 20 ιδρυτικών αρχών ήταν ο σοσιαλιστικός μετασχηματισμός του πολιτικού συστήματος, η πλήρης εξάλειψη όλων των συνεπειών του εμφυλίου πολέμου και μια εκ βάθρων μεταρρύθμιση του εκπαιδευτικού συστήματος. Επιπλέον, προβλεπόταν η αποκέντρωση των Ενόπλων Δυνάμεων και των Σωμάτων Ασφαλείας καθώς και η ποιοτική βελτίωση των υπηρεσιών του Δημοσίου. Ο Όμιλος Παπαναστασίου αποτέλεσε σημαντικό παράγοντα για τις κοινωνικοπολιτικές αλλαγές και την εξυγίανση του δημόσιου βίου στην Ελλάδα. Στόχος ήταν η ίδρυση ενός σοσιαλιστικού κόμματος που θα επέφερε διαρθρωτικές αλλαγές και έναν θεμελιώδη επαναναπροσανατολισμό της πολιτικής.
Ο Όμιλος κατάφερε να εδραιωθεί στην αριστερή πτέρυγα της κοινωνίας και απέκτησε αυξανόμενη επιρροή μεταξύ επιστημόνων, ακαδημαϊκών και άλλων εργαζομένων. Από το 1965 και μετά υπήρξε στενή συνεργασία με τον Ανδρέα Παπανδρέου, και στο πλαίσιο αυτό ο Βασίλης Φίλιας έγινε σύμβουλός του σε θέματα εξωτερικής πολιτικής. Το 1966 ανέλαβε την έκδοση της εβδομαδιαίας εφημερίδας «Εβδομάδα».
Αντιδικτατορική δράση – «Δημοκρατική Αμυνα»
Αμέσως μετά την κήρυξη της δικτατορίας της 21ης Απριλίου 1967, ο Βασίλης Φίλιας και τα άλλα βασικά στελέχη του Ομίλου Παπαναστασίου ίδρυσαν την αντιστασιακή οργάνωση «Δημοκρατική Άμυνα». Στόχος ήταν η ανατροπή της Χούντας με κάθε μέσο. Ο στενός κύκλος αποτελούνταν από τους Σάκη Καράγιωργα, Γιώργο Μυλωνά, Σπύρο Πλασκοβίτη, Κώστα Καλλιγά και Βασίλη Φίλια, ο οποίος ορίστηκε επικεφαλής του παράνομου δικτύου της οργάνωσης.
Συντονισμένες δράσεις και πρωτοβουλίες συνέβαλαν στην ταχεία ανάπτυξη του κυκλώματος αντίστασης και στη δημιουργία πολυάριθμων πυρήνων στο εσωτερικό και στο εξωτερικό. Έτσι, δημιουργήθηκαν ομάδες αντίστασης στην Αθήνα, τη Θεσσαλονίκη, την Κοζάνη, την Κρήτη και άλλες περιοχές. Τα δίκτυα αυτά ήταν σχετικά μικρά και χωρισμένα ανά επαγγελματικές ομάδες, όπως διανοούμενοι, στρατιωτικοί, πανεπιστημιακοί, καλλιτέχνες, δημοσιογράφοι, δικαστικοί και συγγραφείς.
Επίσης, δημιουργήθηκαν διάφορα κλιμάκια στο Λονδίνο, το Παρίσι, τη Φρανκφούρτη, το Μόναχο, το Άμστερνταμ, τη Γενεύη, τη Νέα Υόρκη και άλλες μεγάλες πόλεις του εξωτερικού, με κύριο μέλημα την υποστήριξη του αντιστασιακού αγώνα στην Ελλάδα. Επιπλέον στόχος των δικτύων ήταν να ενημερώνουν τη διεθνή κοινότητα για την κατάσταση στη χώρα, να εξασφαλίζουν υποστηρικτές με κύρος και επιρροή στον αγώνα κατά της Χούντας και να χτυπούν το καθεστώς όσο το δυνατόν πιο αποτελεσματικά και σε κάθε τομέα – στην οικονομία, την πολιτική, την άμυνα και την μαζική ενημέρωση. Τα δίκτυα του εξωτερικού καλλιεργούσαν επαφές με κυβερνητικούς εκπροσώπους, κόμματα και πολιτικούς, συνδικάτα, πανεπιστήμια και μέσα ενημέρωσης. Λεπτομέρειες σχετικά με το καθεστώς τρομοκρατίας της Χούντας (κατάργηση της ελευθερίας του Τύπου, εξόντωση της αντιπολίτευσης, φυλακίσεις κατά παράβαση του Διεθνούς Δικαίου και βασανιστήρια), πληροφορίες σχετικά με τις υποδομές και την οικονομική κατάσταση της χώρας διοχετεύονταν συστηματικά στη διεθνή δημοσιότητα.
Από την αρχή της δικτατορίας μέχρι το 1968, ο Βασίλης Φίλιας ζούσε στην παρανομία, συντονίζοντας αντιστασιακές δραστηριότητες, όπως την συγγραφή και διανομή φυλλαδίων αλλά και πολλών άλλων παράνομων δράσεων, στις οποίες γινόταν ανοιχτή καταγγελία της δικτατορίας και κλήση των πολιτών για αντίσταση.
Οι δυνάμεις αντίστασης, αποτελούμενες από το «Πατριωτικό Μέτωπο» και άλλες αριστερές ομάδες, συσπειρώθηκαν και ενώθηκαν. Έτσι, στο εξωτερικό, αντιπροσωπείες της «Δημοκρατικής Άμυνας» συνεργάστηκαν με το Πανελλήνιο Απελευθερωτικό Κίνημα (Π.Α.Κ.), που είχε ιδρύσει ο Παπανδρέου, και συμμετείχαν από κοινού στη διοργάνωση μεγάλων εκδηλώσεων και συλλαλητηρίων κατά της Χούντας, που είχαν μεγάλη απήχηση στα μέσα ενημέρωσης.
Πρωταρχικός στόχος ήταν η κινητοποίηση της διεθνούς κοινής γνώμης και η στροφή της προσοχής στην ανυπόφορη κατάσταση στην Ελλάδα. Πράγματι, πολλές προσωπικότητες με κύρος από τον χώρο της πολιτικής και του πολιτισμού από όλον τον κόσμο προσχώρησαν στον αγώνα κατά της Χούντας.
Η αντίσταση και οι παράνομες δραστηριότητες έκαναν τα μέλη της «Δημοκρατικής Άμυνας» να θεωρηθούν από τη Χούντα ως βασικοί εχθροί που διώκονταν και φυλακίζονταν. Όταν συνελήφθη, ο Φίλιας πληροφορήθηκε ότι το κράτος είχε ξοδέψει «εκατομμύρια (δραχμές)» για τη σύλληψή του. Στην κηδεία του πατέρα του τον αναζητούσαν σαράντα ασφαλίτες – χωρίς αποτέλεσμα. Ο Φίλιας είχε προειδοποιηθεί εκ των προτέρων και δεν πήγε στην κηδεία του πατέρα του για λόγους ασφαλείας. Ωστόσο, στις 26 Ιουνίου 1968 συνελήφθη και μεταφέρθηκε στις διαβόητες φυλακές της οδού Μπουμπουλίνας για τρεις μήνες.
Εκεί, όπου σήμερα στεγάζεται το Υπουργείο Πολιτισμού, ο Φίλιας ανακρίθηκε για αρκετές ημέρες από τους βασανιστές Βασίλη Λάμπρου, Πέτρο Μπάμπαλη και Ευάγγελο Μάλλιο. Στη συνέχεια μεταφέρθηκε στις φυλακές Αβέρωφ και καταδικάστηκε σε δεκαοκτώμισι χρόνια φυλάκισης τον Μάιο του 1969, μαζί με άλλους αντιστασιακούς. Η απολογία του ήταν μια ανοιχτή καταγγελία κατά της Χούντας, μετατρέποντας τη δίκη σε ένα ακόμη βήμα ενεργού αντίστασης. Το κείμενο δημοσιεύθηκε την ίδια ημέρα σε πολλές ξένες εφημερίδες και μεταδόθηκε από ραδιοφωνικούς σταθμούς σε όλη την Ευρώπη.
Ο Φίλιας πέρασε τα υπόλοιπα πεντέμισι χρόνια της Χούντας σε φυλακές ανά την Ελλάδα (Αθήνα: Αβέρωφ και Κορυδαλλός, Κρήτη: Ιτζεδίν και Αλικαρνασσός, Κέρκυρα), παραμένοντας ακόμα και εκεί πολιτικά ενεργός. Έγραφε κείμενα σχετικά με την τρέχουσα πολιτική κατάσταση στην Ελλάδα, τα οποία έφταναν μέσω μυστικών διαύλων σε ανταποκριτές διεθνών Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης, από όπου αναμεταδίδονταν.
Μαζί με τον επί χρόνια σύντροφό του Σάκη Καράγιωργα και άλλους πολιτικούς κρατούμενους, ξεκίνησε απεργία πείνας για τη βελτίωση των συνθηκών κράτησης. Χρησιμοποίησε τα πολλά χρόνια που έπρεπε να περάσει χωριστά από την οικογένειά του σε ένα κελί για να διδάξει άλλους κρατούμενους (κυρίως ιστορία, πολιτική και ξένες γλώσσες), να διαβάσει και να κάνει προπαρασκευαστικές εργασίες για ένα βιβλίο που αργότερα θα εκδοθεί με τίτλο «Κοινωνία και εξουσία στην Ελλάδα – Η νόθα αστικοποίηση 1800-1864».
Αυτές οι δραστηριότητες και οι επαφές, οι οποίες συνεχίστηκαν παρά τη φυλάκισή του, απέφεραν στον Φίλια διεθνείς διακρίσεις, όπως του επίτιμου μέλους ή επίτιμου καθηγητή σε πανεπιστήμια της Βρετανίας (Οξφόρδη) και της Γερμανίας (Darmstadt).
Στις 21 Αυγούστου 1973, ο Φίλιας αποφυλακίστηκε με τη γενική αμνηστία. Συνέχισε να αγωνίζεται κατά της Χούντας και ειδικότερα εναντίον ενός από τους σημαντικότερους εκπροσώπους της, τον Σπύρο Μαρκεζίνη, καταφέρνοντας να κερδίσει με το μέρος του και μέλη του στρατού.
Μεταπολίτευση
Μετά την πτώση της δικτατορίας, εκπρόσωποι των αντιστασιακών ομάδων προσπάθησαν αρχικά να εδραιώσουν από κοινού τη δημοκρατία και την κοινωνική δικαιοσύνη στην Ελλάδα.
Τον Σεπτέμβριο του 1974, ο Ανδρέας Παπανδρέου ίδρυσε το κόμμα ΠΑ.ΣΟ.Κ. (Πανελλήνιο Σοσιαλιστικό Κίνημα), το οποίο οδήγησε το αριστερό κίνημα σε προσωποκρατία και στη συνέχεια σε κρίση.
Ο Φίλιας δεν μπορούσε και δεν ήθελε να υποστηρίξει το πρόγραμμα του Παπανδρέου, συνεχίζοντας τις δραστηριότητές του και τη συνεργασία του σε διαφορετικό επίπεδο. Μέχρι το τέλος της ζωής του εργαζόταν με μεγάλη αφοσίωση για τα εθνικά θέματα, την κοινωνική πρόοδο και την προώθηση της εκπαίδευσης και του πολιτισμού.